邓秀新主要从事柑橘遗传改良和品种选育研究。邓秀新将细胞工程、分子标记技术与常规育种有机结合，提高了柑橘育种效率，创造了40多个四倍体和10多个三倍体柑橘材料；培育出早红等多个柑橘新品种，并在生产中大面积推广应用。

科研综述：

邓秀新将细胞工程、分子标记技术与常规育种有机结合，提高了柑橘育种效率，创造了40多个四倍体和10多个三倍体柑橘材料；培育出早红等多个柑橘新品种，并在生产中大面积推广应用 。

截至2017年4月，邓秀新在中国率先建立了柑橘细胞工程育种体系，并开创了细胞工程用于生产实践的新途径；对中国柑橘资源进行了系统的分子评价，建立了世界上最大的柑橘离体材料库；发掘基因资源，构建起柑橘基因组学研究平台，带领团队完成了中国首个果树类型——甜橙双单倍体的全基因组测序；组织行业专家建立中国农业柑橘产业技术体系，牵头编制了中国以及部分主产区县的柑橘产业发展规划，对中国柑橘产业可持续健康发展起到了核心作用。

主要贡献：

一、建立起细胞融合、培养及再生技术体系

二、柑橘细胞工程技术及育种实践

三、分子标记与种质资源评价

四、品种选育与服务产业

1，2012年12月， 一种提纯柑橘果肉有色体的方法，国家知识产权局授权专利（第一完成人）

2，2008年5月，“早红”，农业部植物新品种权保护（第一完成人）

3，2004年4月， 一种生产瘪籽柚果实的方法，国家知识产权局授权专利（第一完成人）