科研综述：

黄璐琦作为中国中药资源普查试点工作专家指导组组长，牵头编制了《全国中药资源普查技术规范》，组织实施第四次全国中药资源普查试点工作；提出并发展了“分子生药学”和道地药材形成的理论；建立了珍稀濒危常用中药资源五种保护模式和中药材鉴别新方法，使分子鉴别方法首次收载于国家药典。

学术论著：

截至2020年7月，黄璐琦在中国国内外一级刊物发表论文500余篇，主编著作17部。

1.黄璐琦,等.第四次全国中药资源普查方案设计与实施[J].中国中药杂志,2013(05):625-628.

2.黄璐琦,等.中药资源发展的趋势探讨[J].中国中药杂志,2011(01):1-4.

3.黄璐琦,等.合成生物学在中药资源可持续利用研究中的应用[J].药学学报,2014(01):37-43.

4.黄璐琦,等.双分子标记法的构建及在中药研究中的应用[J].中国中药杂志,2015(02):165-168.

5.黄璐琦,等.中药分子鉴定发展中的若干问题探讨[J].中国中药杂志,2014(19):3663-3667.

6.黄璐琦,等.系统生物学方法在药用植物次生代谢产物研究中的应用[J].中国中药杂志,2010(01):8-12.

7.黄璐琦,等.道地药材形成的分子机制及其遗传基础[J].中国中药杂志,2008(20):2303-2308.

8.黄璐琦,等.环境胁迫下次生代谢产物的积累及道地药材的形成[J].中国中药杂志,2007(04):277-280.

9.黄璐琦,等.中药材道地性研究的现代生物学基础及模式假说[J].中国中药杂志,2004(06):5-7+121. 

2014年 “中药材生产立地条件与土壤微生态环境修复技术的研究与应用”获得国家科技进步奖二等奖；2011年，“道地药材形成机理研究及应用”获国家科学技术进步奖二等奖（第一名）；2008年，“珍稀濒危常用中药资源五种保护模式的研究”获国家科学技术进步奖二等奖（第一名）；2003年“栝楼属植物的系统演化及其药材的分子鉴定研究”获国家科学技术进步奖二等奖（第一名）；2009年“药用植物种质资源标准化整理整合及共享试点”获中华中医药学会科学技术奖一等奖（第一名）；2007年“三叶木通人工繁育研究”获中国中西医结合学会科学技术奖二等奖（第一名）。2012年6月，获得第九届光华工程科技奖“青年奖” 。